Bioinformatica

Bioinformatica gy pichichu I ACk’a6pR 03, 2010 4 pagos [pic] Escuela Politécnica del Ejército DEPARTAMENTO CIENCIAS DE LA VIDA CARRERA DE INGENIERÍA EN BIOTECNOLOGÍA Materia: Biolnformàtica Semestre: VII Semestre Profesor: Ing. MSc. Luis Alberto Guerra Cruz Fecha: DEL 8 DE NOVIEMBRE AL 12 DE NOVIEMBE 2010 Semana de clase: VII semana Carla Torres; Pamela Freire A. Fundamentación Las entradas de la Para ver las diferenci líneas diferentes. ora to View nut*ge e I mismo formato. ión de los tipos de Cada [nea comienza con una línea de código de dos caracteres, o que indica el tipo de datos contenidos en la línea. Los tipos de línea actual y los códigos de línea y el orden en que aparecen en una entrada, se muestran en la tabla de abajo. I Line code Contenido Ocurrencia en una entrada I ID I Identificación comienza la entrada más IDT IDE I Número de Acceso (s) I Fecha I Descripción Una vez, I Una o Tres veces Una o más ID IGN I os I Transmembrane protein 0221- llV3-022L Last modified August 10, 2010.

Mosquito iridescent virus ORF Names: llV3-022L Caenorhabditis eleganslnvertebrate ndescent virus 3 (11’1/-3) (Mosquito iridescent Vlrus) IOG 10C I ox I Host membrane; Multi-pass membrane protein Iridoviridae Chloriridovirus 1345201 [NCBI] IAedes vexans (Inland floodwater mosquito) (Culex vexans) [TaxlD: 7153] IPsorophora ferox [TaxlD: 71831 I Culex territans [TaxlD: 424311 I Ochlerotatus sollicitans (eastern saltmarsh mosquito) [TaxlD: 310513] I Ochlerotatus taeniorhynchus (Black salt marsh mosquito) (Aedes taeniorhynchus) [TaxlD: 329105] I culiseta annulata [Taxi D: 332058] IRN IRG I ModBase Search…

I Genome annotation databases I GenelD 4156271. IFamily and domain databases I ProtoNet Search… No Aplica Delhon G. , Tulman E. R. , Afonso c. L. , Lu Z. , gecnel JJ. , Moser g. A. , Kutish G. F. , Rock D. L IRT l]. Virol. I «Genome of invertebrate iridescent virus type 3 (mosquito iridescent virus). i’ IRL PubMed: 16912294] Viral protein annotation program I The Viral protein annotation program focuses on the manual annotation ofviral proteins, viral and host taxonomy and host interaction specificities. 3Lvf4 IOur efforts are currently directed towards viral ntology and reference strain annotation.

A robust ontology Will allow a more precise definition of the involvement of each protein I lin viral replication steps. The reference strain annotation Will become the benchmark for each of the 334 genera. ISQ Viral Protein Annotation Program Protein existence Cellular component Host membrane I Membrane I Domain Transmembrane I Transmembrane helix I Technical term Complete proteome IVirus reference strain IFeature table data 10 20 30 40 50 60 I MSA’HKLPTF WAGVGAIIG GLSLRFNGAK FLSDWYINKY NDSVPAWSLQ TCHWAGIALY 170 80 100 110 120